主人公叶恭介是一个非常喜欢足球，但是又因为其天才球星哥哥叶成介的连累，而放弃了足球火暴的性格而开口就打架，是个很危险的人物。 这样的叶恭介，在高中由于美纪和森一人的劝解而加入了高中足球部，在足球部里也是麻烦不断，但是自己的自尊心促使他向着全日本第一前锋的目标前进！...

在风景秀丽，气候宜人的王冠市，即将举行神奇宝贝足篮世界杯比赛，届时，大批的观众和训练师会涌入此处，整个城市将会陷入一片欢乐的海洋之中小智（松本梨香 配音）一行人正在前往王冠市的路上，旅途中，他们遇见了名为索罗亚的神秘神奇宝贝，它不仅能够幻化成人类的姿态，还能够通过心电感应和人类交流。 小智和索罗亚结伴前行，哪知道王冠市竟然发生了神奇宝贝暴动事件，雷公、炎帝和水君本是城市的守护神，却不知为何向市民们...