小爱和小优的父母——早川夫妇，是研究异界的博士在某天早川夫妇俩去了异界后就再没有回来了。于是，久等父母未归的小爱、小优就乘上通往异界的地铁，往异界进发去了……在地铁上遇到的理沙，知道小爱和小优去异界是为了寻找他们的父母。决定与他们一同出发，保护他们俩……黑色的风，神秘的男子，手中的魔枪，是破坏世界的武器还是……白色的云，仍是谜样的男子，手中的剑，是敌人还是……可怕的伯爵和他的手下——四将士，究竟还...

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。...

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣...