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炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原...

本州南边有一座孤岛。沿着岛上的石阶上去，是一个能一眼望尽岛上风景的高地。主角星野航的学校就在那个高地上。但是岛上的产业和大企业的工厂将于明年撤出，学生的人数也在减少着。主角与女角们就寄宿在另一个高地上旧校舍改造成的宿舍里。这个时期，宿舍里来了个转校生，吵闹快乐的日子就这样开始了......